Una de las principales amenazas de la producción animal son las enfermedades, lo que ha llevado a que se extremen las medidas de bioseguridad, principal herramienta para la prevención de las patologías que afectan a los distintos animales en la producción intensiva. Pero para que estas medidas sean efectivas, se debe tener conocimientos acerca de los factores que contribuyen a que estas enfermedades se manifiesten. No basta con matar al patógeno responsable, sino que se deben conocer las causas que la predisponen.
El problema que enfrenta la industria del salmón hoy es que la eficacia de los escasos medicamentos disponibles para el control de las patologías que afectan al salmón ya no dan la protección esperada. Lo anterior se debe a su uso indiscriminado en el pasado y porque, además, una de las principales patologías (Piscirickettsia salmonis) que afectan a los salmónidos en Chile es de carácter intracelular lo que no permite que los antibacterianos penetren la célula donde se aloja esta bacteria.
Sin lugar a dudas que la aparición del virus ISA en Chile provocó que se produjera un cambio significativo en el tema bioseguridad. Se implementaron una serie de medidas y regulaciones. Por un lado tenemos unas altamente necesarias como son la disposición de la mortalidad y desinfección de los efluentes de centros de matanza y plantas de proceso y, por otro, algunas menos relevantes, como el uso excesivo de desinfectantes y de plásticos para protección. También contamos con una serie de certificaciones que han contribuido a incrementar los costos de producción, principal queja de los productores salmonicultores.
De todas formas, la Caligidosis y la Piscirickettsiosis siguen siendo los principales desafíos que enfrenta la industria y los indicadores productivos vuelven a mostrar cifras preocupantes, tal cual ocurrió en 2007. De hecho, en 2012 se registró un incremento de un 25% en el uso de antibacterianos por tonelada de salmón producido respecto a 2011, lo que refleja que algo se sigue haciendo mal.