Recientemente, se publicó el artículo denominado “Increased accuracy of genomic predictions for growth under chronic thermal stress in rainbow trout by prioritizing variants from GWAS using imputed sequence data”, de los autores Grazyella M. Yoshida y José M. Yáñez, este último, investigador de la Universidad de Chile.
Según lo explicado, el objetivo de la investigación fue diseccionar la arquitectura genética de los rasgos de crecimiento bajo estrés por calor crónico en la trucha arco iris (Oncorhynchus mykiss) y evaluar la precisión de la selección genómica (GS, por su sigla en inglés) basada en secuenciación del genoma completo (WGS, por su sigla en inglés) y diferentes polimorfismos de nucleótido único (SNP) preseleccionados en base a un estudio de asociación genómica.
Tal como se detalla en el resumen de la investigación, 954 peces provenientes del núcleo genético de la empresa Effigen S.A. (Puerto Montt), fueron desafiados en un experimento de estrés por calor durante 62 días, los cuales fueron genotipados usando paneles de SNP de 1K y 26K. Luego, se realizó la imputación del genotipo desde paneles de baja densidad a WGS usando 102 padres (36 machos y 66 hembras) secuenciados a genoma completo, como población de referencia.
“Los datos de WGS dieron como resultado un ligero aumento en la precisión de la predicción genómica en comparación con el método basado en el pedigrí, mientras que los SNP preseleccionados basados en los principales marcadores detectados mediante GWAS mejoraron la precisión de la predicción, con valores que van del 1,2% al 13,3%”, manifestaron los autores.
Añadieron que “nuestros resultados apoyan la evidencia de la naturaleza poligénica de los rasgos de crecimiento, incluso cuando se miden bajo estrés por calor (temperatura > 20-22°C). El uso de WGS aumenta marginalmente la precisión de la predicción y las precisiones de GS se pueden mejorar utilizando variantes preseleccionadas de GWAS utilizando información de alta densidad”.
José Manuel Yáñez explicó a AQUA la importancia de esta investigación. «Corresponde al primer estudio en el cual se utiliza la información de secuencias de genomas completos (imputados) para incrementar la precisión de selección genómica en una especie acuícola. En este caso, trabajamos con la especie trucha arcoíris y el carácter de crecimiento bajo estrés térmico crónico”, dijo.
Precisó que “nuestros resultados demuestran que la utilización de genomas completos incrementa marginalmente las precisiones de selección genómica en comparación con paneles de SNP medianamente densos (~20K). Sin embargo, pudimos detectar un incremento en la precisión cuando utilizamos paneles de SNP de menor densidad, los cuales han sido preseleccionados en base a su importancia en el carácter, identificados mediante estudios de asociación genómica (GWAS) preliminares”.
En suma, “estos resultados nos llevan a establecer un flujo de trabajo que permite explotar la información de secuencias de genomas completos de una forma costo-efectiva en salmones y truchas, con el objetivo de incrementar la respuesta a la selección para caracteres de interés económico en hasta un 13% más de lo que podemos lograr con paneles de SNPs de mediana densidad (10K-70K SNP)”, de acuerdo con el investigador.
Para descargar el estudio, pinchar aquí: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/eva.13240
Fotografía: Archivo