Los compartimentos son uno o varios establecimientos de acuicultura con un mismo sistema de gestión de la bioseguridad, que contienen una subpoblación de especies hidrobiológicas con un estatus zoosanitario particular respecto de una enfermedad o enfermedades determinadas.
Contra esas enfermedades se aplican las medidas de vigilancia y control, y se cumplen las condiciones elementales de bioseguridad requeridas para el comercio internacional. Cualquier compartimento establecido debe estar claramente documentado por la autoridad competente.
En la Región del Biobío, actualmente existen 21 centros de cultivo de salmónidos inscritos, donde el recurso principal que se cultiva es trucha arcoíris. El 81% de estos centros está ubicado en la Provincia del Biobío.
Durante 2014, el Biobío despachó un total de 52.363.450 salmónidos a diversas regiones, en los estados de desarrollo de ovas, alevines, smolt y reproductores, caracterizándose por ser una zona de crecimiento de alevines para la industria del salmón.
De acuerdo con lo informado por el Servicio Nacional de Pesca y Acuicultura (Sernapesca), el primer voluntario en la región en 
someterse al programa de compartimentos es el acuicultor de la Provincia de Ñuble, Christian Trachsel, quien hace unos años exporta ovas de truchas arcoíris a Dinamarca.
Trachsel relata que la logística de las exportaciones no han sido sencillas, por ejemplo a la hora de buscar vuelos, hay que preferir viajes directos a Copenhague, porque al pasar por aeropuertos de otros países europeos como Francia o Alemania, las autoridades exigían el cumplimiento de provenir de zonas libres de la Anemia Infecciosa del Salmón (ISA), por ejemplo.
«Esto es lo único correcto de hacer. Es un paso fundamental para el futuro, pues para cualquier producción animal, el paso más importante es que las madres sean sanitariamente limpias», sostuvo este acuicultor.
Trachsel adujo que con la ayuda del Sernapesca han podido cumplir con exigencias internacionales, y por eso está «muy interesado en ingresar a este programa».
Los requisitos
Para quienes deseen incorporarse a este programa, existen una serie de requisitos. Lo primero es solicitar formalmente al Sernapesca la incorporación al Programa Sanitario General de Compartimentos Libres de Enfermedades de Alto Riesgo, adjuntando los antecedentes generales sobre el proceso productivo y comercial de la empresa.
«Es importante que los acuicultores tengan definido el compartimento, y entregar una caracterización de afluentes, poblaciones de peces 
silvestres y su susceptibilidad a enfermedades, así como también planes de emergencia o contingencia para el control y erradicación de dichos agentes. Además, contar con procedimientos y acciones que permitan detectar e informar en forma oportuna al Sernapesca cuando se está ante una sospecha de emergencia sanitaria», explican desde el Sernapesca.
Enfermedades de alto riesgo
Para esta primera etapa del programa de compartimentos, se han definido como enfermedades de alto riesgo el virus de la Anemia Infecciosa del Salmón (ISAv) y las diez enfermedades de la Lista 1, vale decir: virus de la Necrosis Hematopoyética Epizoótica, virus de la Necrosis Hematopoyética Infecciosa, virus de la Septicemia Hemorrágica Viral, alfa virus de los salmónidos, entre otros.