Hasta ahora se disponía de los genomas del salmón Atlántico, la carpa común, el rodaballo, la lubina europea, la trucha arco iris y la dorada, pero se consideraba que estaban fragmentados y no eran fáciles de utilizar.
El nuevo trabajo, que forma parte del proyecto de la Unión Europea Horizonte 2020 AQUA-FAANG: Advancing European Aquaculture by Genome Functional Annotation, actualizó esta información utilizando las últimas tecnologías de secuenciación genómica. El equipo de científicos anotó los genomas, vinculando el ADN a las funciones en los peces y dando así un significado práctico añadido a los datos. Así se informó en la plataforma Fish Health Forum.
«Estos ensamblajes actualizados proporcionan una vía mejorada para el desarrollo de herramientas de genotipado que pueden aplicarse en la cría comercial», escribieron los investigadores en un informe sobre el proyecto.
«Los ensamblajes mejorados permiten identificar y priorizar las variantes con mayor eficacia, lo que aumenta la tasa de éxito de cada ensayo y reduce el tiempo y el coste de desarrollo”, aseguraron.
Nuevas herramientas podrían mejorar aún más su utilidad
Los investigadores sugieren que la combinación de los resultados de AQUA-FAANG con nuevos métodos de análisis podría aportar aún mayores beneficios. Entre ellos se encuentran los enfoques pangenómicos, que recogen variantes estructurales en las que grandes partes del genoma han cambiado por inserción, duplicación, deleción e inversión.
«La integración de los recursos pangenómicos con los mapas de anotación funcional del proyecto AQUA-FAANG contribuirá significativamente a nuestra comprensión de las relaciones genotipo-fenotipo en la resistencia a enfermedades y otros rasgos», explicaron los científicos.
El cribado mediante CRISPR también puede ayudar a arrojar luz sobre estas relaciones, afirmaron, descubriendo genes asociados a rasgos deseables a partir de poblaciones de células mutantes. También existe la posibilidad de acelerar aún más los avances logrados mediante la creación de lo que se conoce como atlas de expresión genotipo-tejido, que vinculan formalmente la variación genética con rasgos de nivel superior relevantes para la producción.
Vincular la genómica a la economía
A pesar de los nuevos recursos genómicos de que dispone ahora el sector, el principal obstáculo al progreso sigue siendo comercial, sugirieron los científicos. Las empresas acuícolas necesitan generar el mayor valor posible a partir de los programas de cría de peces, y en la actualidad «falta en gran medida información sobre las estrategias de cría más rentables».
A pesar de ello, las empresas con más recursos y con programas de investigación y desarrollo en marcha deberían poder obtener beneficios inmediatos, sugirieron. Pueden hacerlo actualizando lo que se conoce como paneles de SNP -que analizan áreas de variación genética- con áreas prioritarias basadas en el trabajo, lo que podría permitir realizar ensayos que comparen el rendimiento en función de las variantes. Los nuevos datos podrían conducir en última instancia a nuevas dianas para la ingeniería genética, añadieron.
Puede leer un informe completo sobre los resultados del estudio en la Revista Aquaculture aquí.
Fotografía: Fish Health Forum