El uso de antibióticos en la salmonicultura chilena está principalmente relacionado con los brotes de Septicemia Rickettsial Salmonídea (SRS) en la etapa de engorda en el mar. Específicamente, Piscirickettsia salmonis es una bacteria intracelular que afecta a la industria del salmón nacional prácticamente desde sus inicios. Hasta ahora, y en ausencia de vacunas efectivas, el método de control ha sido el uso de antibióticos, los cuales han tenido resultados relativos en el control de la enfermedad.
La doctora en acuicultura del Instituto de Acuicultura de la Universidad Austral de Chile (UACh) y master en 
Ciencias de la Universidad De Génova (Italia), Sandra Bravo, explica que por tratarse de una bacteria intracelular, P.salmonis se refugia en el interior de las células, por lo que los antibióticos suministrados solo matan a las bacterias que se encuentran libres en el torrente sanguíneo.
«Eso significa que frente a cualquier evento de estrés la bacteria vuelve a replicarse, causando un nuevo brote de enfermedad, los que suelen aumentar en severidad dependiendo de la condición inmunológica del pez, principalmente cuando estos han sido sometidos reiteradamente a tratamientos con antibióticos, los que inhiben su respuesta inmune», comienza diciendo la Dra. Bravo.
¿Por qué en Chile P.salmonis provoca estos cuadros de enfermedad y no en los otros países donde también se ha registrado esta bacteria?
Esta es la gran incógnita que sin dudas requiere de ser investigada. De hecho, P.salmonis fue reportada por primera vez en Canadá en 1970, en 1991 se reportó en Irlanda y entre 1988 y 1992 en Noruega. De hecho, en los brotes registrados en Noruega, los signos exhibidos por los salmones infectados fueron idénticos a los registrados rutinariamente en los salmones afectados en Chile. Situación que no se ha vuelto a presentar en ese país nórdico.
¿Cuál es la diferencia que presenta Chile frente a los otros países que provoca que P.salmonis sea tan agresiva?
Si se analiza objetivamente la situación, son los mismos salmones, originados en el hemisferio norte, y es la misma bacteria distribuida también en el hemisferio norte, con algunas variantes entre las cepas, lo que es normal considerando que estos microorganismos se caracterizan por mutar y adaptarse a condiciones adversas. La gran diferencia está en el ambiente, probablemente las condiciones ambientales imperantes en el sur de Chile hacen más propicia la agresividad de esta bacteria.
Lo importante es tratar de identificar cuáles son los factores presentes en Chile que propician la infección por SRS y que inhiben los mecanismos de defensa de los peces infectados; porque las cifras de uso de antibióticos se hace insostenible para la industria salmonicultora nacional.
En 2013, Chile usó 450.700 kilos de ingrediente activo de antibiótico para una producción de 793.400 toneladas de salmón (570 g / tonelada de salmón); en tanto que Noruega utilizó 972 kilos para 1,3 millón de toneladas de salmón (1,2 g / tonelada de salmón). Las cifras de uso de antibióticos para Noruega en el año 2014 descendieron a 511 kilos de ingrediente activo para similar tonelaje; mientras que en Chile aún no se hace público el volumen de antibióticos usado para las 842.100 toneladas de salmón producidas en el último ejercicio.