Con el objetivo de levantar herramientas moleculares modernas, para aplicarlas a estudios genéticos de la ostra chilena, el Centro Acuícola y Pesquero de Investigación Aplicada (CAPIA-UST) llevó adelante el proyecto titulado «Desarrollo de herramientas genético-moleculares en el recurso ostra chilena (Ostrea chilensis) para su aplicación en estudios genéticos como base para el fortalecimiento de su sustentabilidad y cultivo», financiado a través del Fondef Idea Dos Etapas, de la Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica (Conicyt).
La ostra chilena es un importante recurso bentónico, el cual ha sufrido bajas considerables y sostenidas en su producción. Frente a esta 
realidad, desde hace varias décadas el Estado ha planteado fomentar su repoblamiento y cultivo, pero debido a su lento crecimiento (3-4 años), resulta poco atractivo invertir en el rubro, «es por ello que a través de este proyecto buscamos entregar herramientas que permitan aplicar los conceptos genéticos para el manejo adecuado de individuos provenientes del medio, en experiencias de repoblamiento y por qué no, en su cultivo, de tal manera de asegurar la conservación del recurso genético en su ambiente natural y, por otro lado, entregar las herramientas a empresas que deseen desarrollar experiencias para mejorar las tasas de crecimiento como carácter productivo», así lo manifestó durante la jornada de cierre Ivonne Lee, investigadora del CAPIA y directora del proyecto Fondef-Conicyt.
Entre las herramientas genético-moleculares desarrolladas en el recurso ostra chilena y como parte de los resultados del proyecto, se encuentra la obtención de marcadores microsatélites (SSRs) y marcadores de polimorfismo en un solo nucleótido (SNPs) específicos de ostra chilena. Estos resultados permiten contar con una herramienta potente para evaluar el manejo de cultivos de poblaciones destinadas a repoblamiento de poblaciones naturales, determinando las distancias genéticas entre estas poblaciones a través de indicadores como el índice de fijación entre ambas.
“Esto nos permite evaluar a priori el éxito del manejo de cultivo en sistema controlado de ostras destinadas a repoblamiento de poblaciones naturales, evitando efectos genéticos como por ejemplo un aumento de la endogamia, dado que los ejemplares se liberan masivamente en el medio natural, provocando con ello la reducción de la variabilidad genética de la población natural y provocando una mayor sensibilidad ante variaciones ambientales, lo que a largo plazo podría llevar a la disminución o desaparición del banco natural”, explicó el investigador principal del proyecto, Guillermo Rodríguez.
Estas herramientas se han aplicado exitosamente en otras ostras de importancia económica a nivel mundial, pero en Ostra chilensis, existe escasa información. Con este trabajo se crean marcadores moleculares específicos, para aplicar a estudios genéticos de poblaciones de ostra chilena. Los resultados obtenidos serán sometidos a un proceso de protección intelectual, y posteriormente estarán a disposición de la comunidad científica, instituciones públicas y empresas interesadas.
El proyecto fue ejecutado durante 24 meses por el CAPIA de la Universidad Santo Tomás (UST). Fue dirigido por la doctora Ivonne Lee, acompañada de un equipo de investigadores conformado por Guillermo Rodríguez, Genevieve Merabachvili, Nicole Erhenfeld, Daniela Gutiérrez y Camila Blaña. Como empresa participante se cuenta con la ostricultora “Justo García” ubicada en Hueihue, Chiloé, región de Los Lagos.