Capítulo 2 del especial “Disminuyendo costos en salmonicultura” y esta vez el foco está puesto en la genética como herramienta para reducir los impactos de la Septicemia Rickettsial Salmonídea (SRS) sobre los salmones y truchas que se cultivan en las aguas del sur de nuestro país.
[Vea aquí el capítulo 1 Disminuyendo costos: El aporte de las vacunas en el control del SRS]
Para ello, conversamos con Matías Medida, quien es gerente del Consorcio Blue Genomics, iniciativa que cuenta con un presupuesto total de US$17 millones por un plazo de ocho años y donde el 46% es aportado por Innova Chile de la Corporación de Fomento de la Producción (Corfo), mientras que el 54% restante es entregado por los socios de la iniciativa y que son AquaGen Chile, AquaGen Noruega y Vaxxinova.
De igual manera, dialogamos con Matías del Campo, gerente de Cuentas Clave de Aquainnovo, cuyo financiamiento, a cinco años plazo (el proyecto se inició en 2004), ascendió a US$10 millones, donde el 50% correspondió a fondos concursables de Innova Chile y el 50% restante aportes de Empresas AquaChile.
Ambos llevan años ligados a la industria del salmón, por lo que son voces autorizadas para analizar por qué sigue costando tanto encontrar una solución para “mantener a raya” el SRS.
Concuerdan que la complejidad está dada por las características del agente etiológico, que es una bacteria intracelular que sabe adaptarse a los ambientes que le pudieran ser hostiles y es altamente agresiva. Además, la posibilidad de transmitirse por el agua (horizontalmente) son los aspectos que imponen los mayores desafíos a su control.
Mientras Del Campo detalla que el desarrollo de la enfermedad se hace presente de forma muy agresiva durante el período estival, y en especial durante el tercer y último lapso del ciclo de engorda, cuando las herramientas de control son reducidas (por ejemplo, uso de terapias con antimicrobianos producto de potenciales de residuos en la carne del pez al momento de la cosecha), Medina complementa que se deben considerar las características propias de la estructura espacial y modelo productivo de la industria, con centros que se encuentran a distancias en que la transmisión horizontal del SRS ha sido demostrada, donde los barrios no funcionan como cuerpos de agua desconectados unos de otros y en que las empresas desarrollan sus centros de cultivo muchas veces sin poder considerar las condiciones oceanográficas, sanitarias y ambientales de los lugares en que se instalarán las balsas-jaulas.
“Lo anterior no promueve la interrupción de la relación huésped-hospedero que se necesita para el control de cualquier patógeno, no evita que esta enfermedad en particular se traspase entre ciclos productivos vecinos y no apunta a implementar estrategias de cultivo que consideren las condiciones oceanográficas y ecológicas propias de cada sector”, enfatiza Medina.
Antibióticos[cita align=»alignright»]El mayor uso de antibióticos se ha producido por un efecto combinado de una protección extendida muy limitada de las vacunas y la elevada incidencia del cáligus, que se traduce en un alto impacto de SRS a partir de la segunda mitad del ciclo de engorda», Matías del Campo de Aquainnovo.[/cita]
Y es precisamente ese escenario el que ha llevado a las productoras a tener que usar un mayor número de antibióticos.
Del Campo responde que el aumento en el uso de los antimicrobianos se ha producido “por un efecto combinado de una protección limitada de las vacunas (protección reducida frente a un brote de SRS) y la elevada incidencia del cáligus (mayor estrés y suceptibilidad a SRS), que se traduce en un alto impacto de la bacteria a partir de la segunda mitad del ciclo de engorda”.
Pero si ya hay vacunas en el mercado, por qué se ha generado ese incremento. Matías Medina sostiene que los antibióticos han demostrado ser efectivos en algunos casos y en otros no tanto, situación que posiblemente se asocia a aplicaciones inadecuadas y/o a la susceptibilidad variable a los antimicrobianos que en el último tiempo ha sido observada entre diferentes genovariantes de la bacteria.
“Las vacunas y su desarrollo han buscado ser un aporte a la solución, brindando cierta protección a los peces. Sin embargo, los antecedentes que hoy existen, así como los resultados de mortalidad observados en los centros, evidenciarían que la protección que brindan no tiene la duración que los peces requieren para enfrentar esta enfermedad a lo largo de su período productivo en mar”, aduce quien hasta marzo de este año se desempeñaba como gerente general del Instituto Tecnológico del Salmón (Intesal), que es el brazo científico-técnico de la Asociación de la Industria del Salmón de Chile A.G. (SalmonChile).
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Es así que la genética aparece como una herramienta fundamental para sumarse a la batería de productos que permitan un control y manejo acabado de la enfermedad.
Blue Genomics, puntualmente, se encuentra enfocada en la investigación científica y tecnológica que permita a AquaGen Chile la producción de ovas a partir de reproductores escogidos mediante selección genómica o asistida por marcadores.
El gerente del consorcio, Matías Medina, ahonda que esta línea de trabajo se encuentra actualmente bastante avanzada para el caso de la resistencia al SRS en salmón Atlántico, donde un marcador ya fue encontrado y reproductores seleccionados a base de su presencia dieron origen a ovas y luego smolts de menor susceptibilidad al SRS que hoy se encuentran repartidos en diferentes centros de cultivo.
“Estamos, por lo tanto, en una etapa de validación del marcador genético encontrado y de evaluación del desarrollo en mar de los peces seleccionados a base de su presencia. Esta etapa de evaluación es previa a la etapa final del desarrollo, en que mediante técnicas transcriptómicas y de genómica funcional buscaremos comprender cuál es la característica de los peces con el marcador que le confiere una menor susceptibilidad al SRS”, detalla Medina, añadiendo que están confiados en que este último conocimiento “abrirá un abanico de nuevas posibilidades en la búsqueda de soluciones biotecnológicas para el control de esta enfermedad”.
A la par con esa línea de trabajo científico, Blue Genomics intenta ir conociendo y entendiendo más sobre el comportamiento de la bacteria, así como la forma en que debe ser manipulada, para lograr metodologías estándar que permitan interpretar mejor los resultados y compararlos con el de otras iniciativas que se encuentran también desarrollando herramientas de control.
Este trabajo basado en etapas y que tiene como objetivo lograr una población de cultivo menos susceptible al SRS, también lo están desarrollando en trucha, donde luego de determinar la variabilidad en la susceptibilidad a SRS entre las familias de la población AquaGen, se encuentran hoy en el proceso de identificación de posibles marcadores.
En coho, en tanto, recientemente Blue Genomics finalizó un primer experimento que demostró la existencia también de una gran variabilidad en la susceptibilidad a SRS entre familias. “Estos resultados permiten ir avanzando en la selección de los mejores reproductores para una próxima producción de ovas y representan un primer gran paso hacia la pronta selección genómica o asistida por marcadores en estas dos especies”, afirma Matías Medina, quien es biólogo marino y Doctor en Ciencias (PhD) del Instituto de Acuicultura de la Universidad de Stirling (Escocia).
Considerando que la infestación por Caligus rogercresseyi es otra de las razones que explican los costos de la industria en Chile –el tercer capítulo del especial “Disminuyendo los costos en salmonicultura” tratará sobre ello–, Blue Genomics también se encuentra desarrollando una línea de investigación similar a la descrita para SRS, pero en cáligus; tanto en Atlántico como en trucha. En ambas especies los investigadores del consorcio se encuentran en la etapa de identificación de marcadores, luego de haber evidenciado una variabilidad significativa en la resistencia a su infección entre las familias de la población AquaGen.
“La puesta en el mercado de peces seleccionados genéticamente por su menor susceptibilidad representa un aporte al control de estas enfermedades en varias dimensiones. Primero, en el efecto directo que se espera tenga en la reducción de la mortalidad en los centros que tengan estos peces; segundo, y en relación con lo primero, por el menor número de tratamientos con antimicrobianos o antiparasitarios que se requerirían; y tercero, por un aumento en la inmunidad general de las poblaciones cultivadas en un sector determinado, al ir aumentando en él la proporción de peces menos susceptibles”, subraya Medina.
A su juicio, este último aspecto toma mayor relevancia cuando se aprecia que la industria estaría buscando lograr una mayor separación de los centros mediante la fusión y/o relocalización de sus concesiones. “En este escenario, la siembra de peces menos susceptibles a cáligus y/o SRS representará también una alternativa en aquellas concesiones que por diferentes motivos no puedan ser alejadas de sus vecinos y sigan por tanto, actuando como puente de transmisión de enfermedades entre un sector y otro”, reitera el representante de Blue Genomics.
Genoma salmón Atlántico
Por su parte, Matías del Campo dice que la liberación de la secuencia del salmón Atlántico ha permitido encontrar una gran cantidad de marcadores del tipo SNP, permitiendo el desarrollo de herramientas genómicas como son los SNP Chip con cobertura genómica. Con estos, explica, después de un proceso de validación y asociación a un fenotipo de interés productivo permiten genotipar candidatos a reproductores y obtener genotipos asociados al carácter de una gran cantidad de marcadores, los cuales se pueden utilizar como información genética para seleccionar y sin necesidad de medir los fenotipos.
“En rasgos de difícil medición como la resistencia a enfermedades y donde comúnmente las heredabilidades son de media a baja magnitud 
(h2<0,20), el uso de esta información genómica aumenta la eficiencia de la selección para este tipo de rasgos al compararlo con la selección familiar solo en base a datos de resistencia provenientes de hermanos desafiados”, asegura el gerente de Cuentas Clave de Aquainnovo.
Es así que la compañía ligada a Empresas AquaChile se encuentra en la fase final de un proyecto de desarrollo de un SNP_Chip de 50K (50.000 marcadores) para seleccionar por SRS y cáligus en salmón Atlántico, que partió hace tres años.
Del Campo precisa que durante 2015 se implementará la línea de procesamiento de datos, desde la genotipificación de peces hasta la generación de valores genómicos por los cuales seleccionar.
“En esta etapa Aquainnovo logró un convenio de colaboración técnico con NeoGen/GeneSeek, empresa líder en la prestación de servicios genómicos en animales domésticos, con lo cual además se accederán a precios preferenciales de genotipificacion que hacen mas factible el uso de estas herramientas en la práctica”, concluye el ejecutivo de Aquainnovo.
Así, los grupos especializados en genéticas también realizan sus aportes para disminuir los efectos productivos y económicos de patógenos como el SRS, que en Chile provoca pérdidas que van entre los US$500-700 millones anuales.