La genómica acuícola está transformando el abordaje de la caligidosis en la salmonicultura.
Estas herramientas permiten identificar mecanismos y marcadores asociados con la resistencia del salmón al Caligus rogercresseyi.
El avance permite pasar de una aproximación general a una comprensión más precisa de la interacción entre el hospedero y el parásito.
Al respecto, el director del Centro Interdisciplinario para la Investigación Acuícola – Investigación Aplicada (Incar²), académico de la Universidad de Concepción e investigador principal de la línea “Soluciones Ómicas para la Acuicultura” de Incar², doctor Cristian Gallardo Escárate, comenta que, “durante los últimos años hemos avanzado significativamente en demostrar que la resistencia del salmón del Atlántico frente a Caligus rogercresseyi presenta un componente genético heredable. Los estudios realizados en poblaciones de mejoramiento han identificado diferencias consistentes entre familias en el número de parásitos, la capacidad para limitar su desarrollo y la respuesta del tejido cutáneo ante la infestación. Si bien las estimaciones de heredabilidad son, en general, bajas a moderadas, es posible hacer selección genómica, aunque requerirá varias generaciones”.
El investigador añade que la industria ya dispone de herramientas para incorporar la resistencia al cáligus en sus índices de selección.
Entre ellas se encuentran los paneles de genotipificación y la imputación a partir de paneles de baja densidad.
También están disponibles modelos de predicción genómica que permiten reducir costos y analizar un gran número de candidatos.
“No obstante, aún persisten desafíos en la integración de otras variables genómicas, como los elementos regulatorios no codificantes, el estado de metilación y el microbioma de peces resistentes. Existe evidencia generada por Incar² que demuestra que estos factores desempeñan un papel clave en la resistencia del salmón del Atlántico frente a cáligus”, explica el director del Centro Interdisciplinario para la Investigación Acuícola – Investigación Aplicada (Incar²), académico de la Universidad de Concepción e investigador principal de la línea “Soluciones Ómicas para la Acuicultura” de Incar², doctor Cristian Gallardo Escárate.
El investigador enfatiza que estas herramientas permiten avanzar hacia una visión integral de la interacción hospedero-parásito.
“Actualmente podemos estudiar simultáneamente lo que ocurre en el salmón y en cáligus, considerando sus genomas, transcriptomas, proteomas, microbiomas y respuestas metabólicas”.
En el hospedero, la secuenciación de RNA permite analizar la actividad de los genes en los peces.
Selección genómica identifica marcadores asociados al cáligus
En tanto, el profesor titular de la Facultad de Ciencias Veterinarias y Pecuarias (Favet) de la Universidad de Chile, director del Laboratorio de Genómica y Genética Acuícola y líder de la iniciativa Edigen, Dr. José Manuel Yáñez, comenta que también se han registrado avances relevantes.
“Sabemos que la carga parasitaria frente a Caligus rogercresseyi tiene una base genética y, por lo tanto, puede mejorarse mediante selección. Sin embargo, no estamos frente a un carácter controlado por uno o dos genes de gran efecto, como en el caso de la resistencia a IPN, por ejemplo. El nivel de infestación es una característica principalmente poligénica, en la cual intervienen muchas regiones del genoma y genes, cada una con un efecto relativamente pequeño o moderado”.
El investigador explica que los primeros estudios comenzaron hace más de una década.
“En algunos de nuestros estudios iniciales, realizados hace ya más de una década en poblaciones de salmón del Atlántico, hemos encontrado heredabilidades bajas a moderadas y diversas regiones genómicas y genes asociados a la carga parasitaria. En colaboraciones recientes con una casa genética, en las cuales hemos combinado secuenciación del genoma completo para evaluar peces con baja y alta carga de parásitos provenientes de varias cohortes de salmón del Atlántico, hemos identificado marcadores particularmente informativos en dos cromosomas de esta especie (Ssa03 y Ssa09). Lo más interesante es que, al priorizar estos marcadores asociados al carácter, logramos aumentar hasta en un 57% la precisión de la predicción genómica respecto de paneles de marcadores convencionales (por ejemplo, paneles de 50 mil SNPs), lo cual permite acelerar la respuesta a la selección”, describe el Dr. Yáñez.
Estos resultados muestran el potencial de la selección genómica para disminuir la carga parasitaria en salmón del Atlántico.
“Por lo tanto, la tecnología para seleccionar peces con menor carga de cáligus ya existe y se ha utilizado a escala comercial. Sin embargo, nos hemos dado cuenta de que no basta necesariamente con seleccionar peces que tengan menos parásitos en un desafío experimental, sino que debemos entender por qué ciertos peces tienen menos parásitos y si esa ventaja se traduce realmente en una menor presión de infestación a nivel de jaula o centro de cultivo”, agrega el profesor titular de Favet.
Este enfoque permitiría avanzar hacia una salmonicultura con menor susceptibilidad al parásito y una gestión sanitaria más preventiva.
Los detalles en profundidad en el artículo de Revista Aqua.
Fotografía: Archivo Centro Incar².