El monitoreo comenzó el jueves 26 de mayo, trabajando en turnos de día y noche, hasta completar los 15 puntos de toma de muestras, los que se iniciaron en el sector norte de la isla de Chiloé, recorriéndola finalmente completa.
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Primero el «Cabo de Hornos» fue a la costa oeste, luego en el sector sur ingresaron por la boca del Guafo, continuando en el golfo de Corcovado, para terminar en el seno del Reloncaví con las muestras desde el fondo marino, detalló la Armada en una nota de prensa. 
En total fueron 14 los científicos que realizaron su trabajo a bordo del buque que posee capacidades oceanográficas que permiten realizar estudios avanzados; entre estos, equipamiento multihaz para efectuar batimetría del fondo marino y así obtener registro de la morfología de la costa y del fondo marino en aguas oceánicas.
La Dra. Laura Farías, investigadora de la Universidad de Concepción (UdeC) que está participando de la mesa científica convocada por el Gobierno, explicó que «se puede concluir que el fenómeno de la marea roja está en retirada tras los primeros análisis obtenidos desde las muestras tomadas desde el mar en la zona de Chiloé, siendo fundamental para este tema la retirada del evento de El Niño».
Por su parte, el comandante del «Cabo de Hornos», capitán de navío Carlos González, manifestó que han cerrado prácticamente por completo esta comisión de análisis científico, realizando toma de muestras en al menos 15 puntos distintos del océano de las regiones de Los Ríos y Los Lagos.
Estudios a bordo del #CabodeHornos confirmarían próxima retirada de #MareaRoja en el sur https://t.co/EFGqAtOcNo pic.twitter.com/92MCIxhjpX
— Armada de Chile (@Armada_Chile) 30 de mayo de 2016
«Lo que se quiere obtener son vestigios del sedimento del fondo marino. La mayor profundidad alcanzada por la toma de muestra fue de 2.000 metros, que fue exactamente en la zona de vertimiento de los salmones», detalló González, añadiendo que los pescadores de Chiloé que fueron como observadores a esta comisión «pudieron ser garantes y registraron cada paso de la toma de muestras».
El equipo multidisciplinario de 14 científicos de las universidades de Concepción, Católica y de Los Lagos, designados por el Ministerio de Economía, deberán entregar sus conclusiones finales en las próximas semanas, en el marco del comité que estudia el fenómeno de la marea roja presente en las regiones de Los Ríos y Los Lagos.