ENGLISH (EN)
They study the genomic epidemiology of R. salmoninarum
Sion Bayliss, David Verner-Jeffreys, David Ryder, Rudy Suárez, Roxana Ramírez, Jaime Romero, Ben Pascoe, Sam Sheppard, Marcos Godoy and Edward Feil, produced a scientific article entitled «Genomic epidemiology of the commercially important pathogen Renibacterium salmoninarum within the Chilean salmon industry».
In the study, the researchers begin by underlining that bacterial kidney disease (BKD) causes a high level of mortality and morbidity in salmonid aquaculture worldwide. «The causative agent of BKD, Renibacterium salmoninarum, has a slow mutation rate and a highly conserved genome, which limits the discriminatory power of conventional typing techniques such as multi-locus sequence typing and pulsed-field gel electrophoresis», they explain.
Whole-genome sequencing (WGS) allows for almost all genomic variation to be used for molecular tracing and phylogenetic reconstruction. This technique has been successfully applied to the fine-scale epidemiology of monomorphic human pathogens, such as Mycobacterium tuberculosis and Yersinia pestis, and a global collection of R. salmoninarum [Traynor BJ. Neuroepidemiology 2009;33:276–9; Brynildsrud O, Feil EJ, Bohlin J, Castillo-Ramírez S, Colquhoun D et al. ISME J 2014;8:746–56].
«For the first time, we apply WGS to a collection of R. salmoninarum isolates from Chile, a country that hosts the second largest salmon industry in the world and in which BKD imposes a significant commercial burden. We use WGS for fine-scale molecular epidemiology of R. salmoninarum, and to place the Chilean isolates within the context of a global isolate collection. Our results point to multiple introductions of BKD into Chile from global sources over a 30 year period, followed by rapid spread within Chile. This study provides a basis for the development of more informed disease management strategies», the scientists say.
Download here the complete article >> Genomic epidemiology of the commercially important pathogen Renibacterium salmoninarum within the Chilean salmon industry
ESPAÑOL (ES)
Sion Bayliss, David Verner-Jeffreys, David Ryder, Rudy Suárez, Roxana Ramírez, Jaime Romero, Ben Pascoe, Sam Sheppard, Marcos Godoy y Edward Feil, elaboraron un artículo científico titulado «Epidemiología genómica de la importancia comercial del patógeno Renibacterium salmoninarum dentro de la industria salmonicultora chilena».
En el estudio, los investigadores comienzan subrayando que la enfermedad bacteriana del riñón (BKD, por su sigla en inglés) causa un alto nivel de mortalidad y morbilidad en la acuicultura de salmónidos en todo el mundo. «El agente causante de BKD, Renibacterium salmoninarum, tiene una tasa de mutación lenta y un genoma altamente conservado, lo que limita el poder discriminatorio de las técnicas de tipado convencionales, como la tipificación de secuencia de múltiples locus y la electroforesis en gel de campo pulsado», explican los científicos pertenecientes a las siguientes instituciones: Milner Center for Evolution del Departamento de Biología y Bioquímica de la Universidad de Bath, Reino Unido; Laboratorio Weymouth del Centro de Ciencias del Medio Ambiente, Pesca y Acuicultura (Cefas), The Nothe, Weymouth, Reino Unido; Laboratorio Etecma, Puerto Montt, Chile; Facultad de Medicina Veterinaria de la Universidad San Sebastián, Puerto Montt; Laboratorio de Biotecnología del Instituto de Nutrición y Tecnología de los Alimentos (INTA), Universidad de Chile; Centro de Investigaciones Biológicas Aplicadas (CIBA), Puerto Montt; y Doctorado en Acuicultura del Programa Cooperativo entre la Universidad de Chile, Universidad Católica del Norte y la Universidad Católica de Valparaíso.
Más adelante explican que la secuenciación del genoma completo (WGS, por su sigla en inglés) permite que casi todas las variaciones genómicas se utilicen para el trazado molecular y la reconstrucción filogenética. Esta técnica se ha aplicado con éxito a la epidemiología a escala fina de patógenos humanos monomórficos, como Mycobacterium tuberculosis y Yersinia pestis, y una colección global de R. salmoninarum.
«Por primera vez, aplicamos WGS a una colección de aislados de R. salmoninarum de Chile, un país que alberga la segunda industria salmonicultora más grande del mundo y en la que BKD impone una carga comercial significativa. Usamos WGS para la epidemiología molecular a escala fina de R. salmoninarum, y para colocar los aislados chilenos dentro del contexto de una colección global. Nuestros resultados apuntan a múltiples presentaciones de BKD en Chile provenientes de fuentes globales durante un período de 30 años, seguidas de una rápida propagación dentro del país», detallaron los científicos, afirmando que este estudio proporciona una base para el desarrollo de mejores estrategias de manejo de enfermedades.
Descargue aquí el artículo completo (en inglés) >> Genomic epidemiology of the commercially important pathogen Renibacterium salmoninarum within the Chilean salmon industry