En la mañana de este jueves 26 de enero, AquaGen confirmó que han desarrollado la que sería la primera herramienta para ensayos de la variación del genoma completo del salmón coho (Oncorhynchus kisutch), hito que podría ser crucial en la mejora genética de rasgos de producción, como la tasa de crecimiento y resistencia a Piscirickettsia salmonis, patógeno intracelular causante de la Septicemia Rickettsial Salmonídea (SRS), enfermedad que provoca pérdidas cercanas a los US$800 millones anuales a la salmonicultura chilena y principal responsable del alto uso de antibióticos.
La nueva herramienta, denominada SNP-chip, se basa en la secuenciación de todo el genoma de la población reproductora de coho que AquaGen mantiene en Chile, establecida sobre la base de cepas superiores entre los años 2013 y 2014.
Al crear una nueva referencia de genoma para el salmón coho, y utilizando las referencias del recientemente publicado mapeo del genoma del salmón Atlántico y la trucha arcoíris, los investigadores fueron capaces de definir un conjunto de SNPs (marcadores genéticos) que capturan variaciones en el genoma del coho de una manera más precisa.
Según lo asegurado por AquaGen, el SNP-chip servirá como una herramienta para futuros estudios del salmón coho, «fortaleciendo la capacidad de esta especie para hacer frente a las enfermedades y otros desafíos presentados por la acuicultura, al tiempo que aumenta el conocimiento general de la biología de las especies».
En detalle, el SNP-chip surgió a través de un proyecto de investigación colaborativo entre Blue Genomics Chile, el centro Favet-Inbiogen de la Universidad de Chile, AquaGen Chile y Affymetrix («Implementación de un programa genético para producir ovas de salmón coho con una mejor resistencia a SRS»); y fue financiado, en parte, por Fondef-IDeA y la Corporación de Fomento de la Producción (Corfo).
Reacciones
Tras la confirmación de la noticia por parte de AquaGen, el gerente general de Blue Genomics Chile, Dr. Matias Medina, comentó que este es un «paso significativo» para la acuicultura chilena del salmón. «Con el desarrollo de este SNP-chip, Blue Genomics Chile está demostrando la importancia de la aplicación de investigación de vanguardia en el desarrollo de una acuicultura más sustentable en el país».
De igual manera, el Dr. Medina especificó que utilizando esta nueva herramienta, AquaGen Chile podrá ser más precisa en la selección de reproductores con ciertas características. «Por ejemplo, los datos existentes y nuevos experimentos pueden ahora ser analizados para la identificación de los peces menos susceptibles a SRS y será posible realizar una selección más precisa utilizando ya sea marcadores de genes y/o la selección genómica. La aplicación de estas dos estrategias potenciales sitúa a AquaGen en la frontera de las técnicas de producción existentes para el salmón coho», aseguró.
Por su parte, el director de Favet-Inbiogen de la Facultad de Ciencias Veterinarias y Pecuarias de la Universidad de Chile (Favet), Víctor Martínez, afirmó que durante los últimos años la colaboración de la casa de estudios que representa con AquaGen Chile y Blue Genomics Chile, «ha sido de suma importancia para entender cómo funciona el genoma del salmón, considerando la resistencia a enfermedades y los efectos de la selección».
«Por primera vez podemos utilizar una plataforma basada en la ciencia para mejorar la producción de coho, aumentando nuestra comprensión sobre cómo funciona el genoma de esta especie salmonídea y los genes implicados en la resistencia a las enfermedades», añadió el profesor asociado.
Mientras que el director de Investigación de AquaGen Noruega, Dr. Thomas Moen, destacó que, al desarrollar este SNP-chip, supieron utilizar sus experiencias anteriores con salmón Atlántico y trucha arcoíris. «La secuencia de genomas de referencia publicada para el salmón Atlántico y la trucha arcoíris fueron recursos cruciales en el proceso, porque sin esos genomas de referencia no habríamos tenido éxito. Los SNP-chips han dado lugar a nuevas posibilidades en selección genética y también a la innovación en la biología de salmónidos», resumió el Dr. Moen.