Chile es hoy el líder mundial en el cultivo de salmón coho (Oncorhynchus kisutch), con cosechas de 130.000 toneladas anuales, representando el 18% de la producción salmonicultora chilena. Su mayor incidencia en la industria nacional se remonta a los inicios de 1980, cuando el cultivo de esta especie comenzó a evidenciar varias ventajas en relación con el salmón Atlántico (Salmo salar) y la trucha arcoíris (Onchorynchus mykiss).
Algunas de ellas son: mayores tasas de crecimiento, menor tiempo de cosecha y factores de conversión de alimento (FCR) más bajos. Los peces también presentan las menores mortalidades entre las especies salmonídeas de alcance comercial y son inmunes al cáligus y al virus de la Anemia Infecciosa del Salmón (ISAv). Además, el color de su carne es atractivo para mercados emergentes y para otros tan exigentes como Japón.
A pesar de esos beneficios, la producción de coho pierde competitividad por la Septicemia Rickettsial Salmonídea (SRS) –también denominada Piscirickettsiosis–. Es que la bacteria causante de la patología (Piscirickettsia salmonis) se reproduce en los monocitos / macrófagos de los peces y genera una infección sistémica. Si bien el tratamiento con antibióticos contribuye a reducir las pérdidas por brotes, la industria está tratando de reducir el uso de este tipo de fármacos mediante la aplicación de buenas prácticas y el uso de estrategias alternativas de control.
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Marcador genético
Ante ese problema, la colaboración científica de investigadores chilenos y noruegos en el marco del proyecto Blue Genomics logró recientemente sumar un nuevo avance significativo hacia la tan deseada resistencia contra el SRS; patología que provoca pérdidas superiores a los US$700 millones cada año para los salmonicultores nacionales y que es responsable del 89% del uso de antibióticos.
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Específicamente, Blue Genomics ha descubierto un marcador genético asociado a una mayor resistencia a SRS (Quantitative Trait Locus) que ya está siendo utilizado para la selección de reproductores de coho en AquaGen Chile, dando como resultado la entrega prevista de 13 millones de ovas con una mayor resistencia durante el 2017.
El estudio se inició en 2015 cuando 138 familias del programa genético de salmón coho AquaGen fueron desafiadas a una cepa de SRS proporcionada por ADL Diagnostic, utilizando un modelo de cohabitación desarrollado por Blue Genomics Chile.
La investigación se realizó en instalaciones de Fundación Chile. Una vez concluida, el ADN de todos los peces fue extraído por el servicio de biobanco de ADL Diagnostic y posteriormente enviado al Centro de Genética Integral (Cigene) de la Universidad Noruega de Ciencias de la Vida, donde fueron genotipificados usando una plataforma Axiom de Affymetrix (SNP Chip) que contiene 220.000 polimorfismo de nucleótido único (SNPs) distribuidos en todo el genoma del salmón coho. Esta plataforma de genotipificación, desarrollada utilizando una aproximación de secuenciación de genoma completo (Whole-genome sequencing), fue el resultado del trabajo colaborativo entre AquaGen/Blue Genomics y el Dr. Víctor Martínez del Laboratorio Favet-Inbiogen de la Facultad de Ciencias Veterinarias de la Universidad de Chile.
Heredabilidad
De acuerdo con lo detallado por Blue Genomics, el análisis de los datos demostró una alta heredabilidad para la resistencia a SRS, y la asociación subsiguiente del genoma reveló un solo QTL significativo que explica el 46% de la variación genética en la resistencia a SRS para los peces cohabitantes.
“Sorprendentemente, cerca del 60% de los peces que tienen dos copias de la variante beneficiosa del QTL sobrevivió al estudio, mientras que menos del 10% de los peces sin QTL se mantuvieron con vida”, aseguran en Blue Genomics. También han precisado que si bien una parte de estos 13 millones de ovas que están siendo producidas mediante la aplicación de este marcador se utilizarán para validaciones adicionales en condiciones experimentales, la mayoría se transferirá a diferentes empresas salmonicultoras para validar su eficacia en condiciones comerciales.
“De esta manera, la industria chilena seguirá contribuyendo a validar la selección genética como herramienta para el control del SRS y alternativa al uso de antibióticos”, enfatizan en la firma especializada en genética de peces.
Este logro fue posible gracias a la colaboración de todas las instituciones mencionadas, además del apoyo financiero de la Corporación de Fomento de la Producción (14ITE2-36675/12CTI-16839), del Fondef-IdeA (ID14I10090) y el compromiso e inversión de AquaGen y Blue Genomics Chile, que superó los US$800.000.